Los Directores Generales están asignados a la Comisión a tiempo completo y son los responsables directos de la administración, coordinación, control y supervisión de la Comisión. Todas las comunicaciones, reglamentos, normas y procedimientos relacionados con las operaciones de COPEG deben ser acordados de manera conjunta por los Directores Generales y cada uno debe facilitar las comunicaciones con las autoridades respectivas de su país.

En su condición de Misión Internacional, COPEG opera bajo la representación de dos Directores Generales, uno por cada país: el Dr. Carlos Moreno, Director por Panamá y la Dra. Maria Celia Antognoli, Directora por los Estados Unidos de América.

Según lo establece el Acuerdo Cooperativo la Comisión está integrada por cuatro miembros designados por ambos países. Los Comisionados se reunirán por lo menos anualmente y en otras ocasiones, según lo consideren necesario para revisar las actividades de la Comisión, proporcionar asesoría y aprobar los planes de trabajo y los presupuestos anuales.